Obwohl eine Legende die Gründung von Amelia dem mythischen König Ameroe gegen das 12. Jahrhundert v.Chr. zuschreibt (davon der Name Ameria), ist es wahrscheinlicher, daß sich die ersten Einwohner gegen 11. - 10. Jahrhundert v. Chr. auf dem Hügel einsiedelten, und den ersten Stadtkern bildeten.
Sicher ist, daß zur Zeit des Baus der polygonalen Stadtmauer (7.-6. Jahrhundert v.Chr.) die kleine Stadt schon ihre einheitliche und zweckmäßige Geländestruktur zeigte, da sich die gegenwärtige Stadtmitte von der ursprünglichen Akropolis aus entwickelte.
Während des kaiserlichen Zeitalters wurde Amelia zum blühenden Handelszentrum; die Stadt lag in einer wunderbar zu verteidigenden Lage und hatte, in der Nähe von Orte, einen wichtigen Flußhafen gebaut, so daß sie in enger Verbindung mit Rom war.
Zahlreiche sind die Zeugnisse der römischen Anwesenheit, aber der bedeutendste Fund ist bestimmt die bronzene Statue des Germanicus, eines römischen Führers, Sohn von Druso Major.
Die Statue wurde im Jahr 1963, infolge eines Abbaus, nicht weit von der Stadtmauer entdeckt.
Sie stellt ein wahres Meisterwerk der kaiserlichen römischen Bronzearbeit dar, da es kein ähnliches Beispiel der selben Größe gibt: einzigartig ist sie sowohl wegen ihrer Züge als auch der Größe, denn sie ist 2,14 Meter hoch.
Nach dem Verfall des Weströmischen Reichs (476)fiel Amelia wahrscheinlich unter die Herrschaft Odoakers und später auch von Dietrich.
Während der Völkerwanderungen wurde sie mehrmals besetzt und geplündert; die Goten von Totila plünderten sie im Jahr 548, dann wurde die Stadt von den Langobarden besetzt, und später ging sie von dem byzantinischen Reich zur Kirche (zur Zeit von Karl dem Großen ) über, und wurde ein wichtiges Überfahrtszentrum des byzantinischen Korridors, der Rom mit dem Exarchat verband.
Man weiß nicht genau, wann Amelia zur Kommune wurde, aber zuverlässige Quellen zeugen davon, daß die Stadt gegen das Jahr 1000 schon eine vorgeschrittene soziale Ordnung hatte.
In den folgenden Jahrhunderten wurde Amelia in Kämpfe zwischen Welfen und Gibellinen, wie auch in Streifzüge der Söldnerscharen verwickelt, welche das Schicksal der Stadt zeichneten.
Vom 14. Jahrhundert an war die Stadt verschiedenen politischen Ereignissen ausgesetzt: Zeugnisse der mehreren Unterjochungen und wiederum Befreiungen sind noch in der städtischen Toponomastik und in dem Stadtarchiv erhalten.
Im Jahr 1871 trat Amelia dem italienischen Königreich bei.