Der Gipfel des Hügels auf dem Perugia liegt war schon im IX Jahrhundert bewohnt: archäologische Funde sind ein Hinweis auf eine erste Besiedlung im VI Jahrhundert und eine andere interessante Besiedlung befindet sich in Ponte della Pietra, zwischen Perugia und Orvieto.
Perugia nahm einen Spitzenplatz im etruskischen Zwölfstädtebund und kann man noch heute in der etruskischen Felsgruft – Grabmal der Volumner, des S. Manno, von Villa Sperandio sowie die Necropolis von Strozzacapponi, der Spuren der Etrusker folgen. Die Römer kamen in Umbrien im Jahre 299 v.Chr.; Perugia und seine Umgebung kamen in "regio septima" zusammen, die das ganze etruskische Territorium einschließt; im III Jahrhundert n.Chr.annektiert Diocleziano Umbrien der Tuscia.
Das Christentum dringt leicht durch die Region und folgen den Wegen der Römer: im VI Jahrhundert wurde in Perugia die Kirche S. Angelo erreichtet und im X Jahrhundert der Basilika von S. Pietro.
Am Ende der römischen Herrschaft, das Gebiet von Perugia wird von den Barbaren eingefallen. Diese Jahre sind verworren und schwierig. Umbrien wird von blütigen Kämpfen heimgesucht und verwüstet. Als schließlich die Pest ausbricht, geht die Wirtschaft ihrem Wiedergang entgegen. Totila vernichtet Perugia im Jahre 547. Ab dem XI Jahrhundert wird den größeren Städten Umbriens ein kommunale Autonomie zugestanden. Die Region erlebt in den Bereichen Wirtschaft, Handel und Bevölkerungswachstum eine Blüte. Perugia wurde schon im Jahre 1139 von Konsulen regiert und war verwaltungsmäßig autonom.In den Kommunen Umbriens brachen die Kämpfe zwischen Guelfen, den Anhängern der päpstlichen Macht, und den Ghibellinen, den Anhängern des Kaisertums aus. Perugia ist eine Anhängerin des Papsts und nahm einen Spitzenplatz in diesen Streiten ein.
Ab dem XV Jahrhundert bis zum Ende des XVI Jahrhunderts bleibt Umbrien in der italienischen Geschichte eine Randerscheinung. Die Städte werden häufig von internen Zwistigkeiten heimgesucht und gebeutelt, wie in Falle Perugias, wo bisweilen die Kämpfe zwischen den adeligen Familien der Oddi und Baglioni zu blutigen und bewaffneten Auseinandersetzungen führen.
Über drei Jahrhunderte blieb Perugia noch dem Kirchenstaat untertan, in einem Kulturellen und politischen Halbschlummer.
Der Kirchenstaat erhielt sich bis 1860. Dann schloß sich Perugia mit Umbrien dem Königreich Italien an.